Den tredje filmen, Men in Black, er en fortsettelse av den berømte amerikanske komedien. Rollespillere er de samme Tommy Lee Jones og Will Smith. Regissørens arbeid ble igjen overtatt av Barry Sonnenfeld, utøvende produsent for Steven Spielberg. På kinoer startet filmen 23. mai 2012.
Denne gangen blir rollen som den negative helten tatt av Jamain Clement, han spiller Boris. Dette er en forbryter som rømte fra Lunar fengsel. Han brenner av hat mot Agent Kay, som i juli 1969 fanget forbryteren og etterlot ham uten hånd. Da Kay plutselig finner ut at Boris løp, uttrykker han stor beklagelse over at han ikke drepte ham under arrestasjonen. Etter det forsvinner agenten rett og slett, og at bare Jane husker at han eksisterte. Resten av de ansatte i svart tror at Kay døde i et sammenstøt med en eller annen kriminell i 1969.
Den eneste forklaringen på denne omveltningen av virkeligheten er en endring i fortiden. Jay og Agent O bestemmer at det var Boris som var involvert. Bekreftelse av dette er nok en hendelse i kosmisk skala - invasjonen av løpet av Boris på jorden. I den forrige virkeligheten var dette umulig, siden Kay installerte et beskyttelsesapparat på planeten som ble kalt "ArcNet". Nå, i forbindelse med agentens død for noen tiår siden, hadde ikke Jorden noen screening fra romfiender.
Jay oppdager at Boris ble sendt til fortiden av Jeffrey Price, en elektronikkforhandler som hadde en ulovlig tidsskifter i arsenal. Agenten har ikke noe annet valg enn å gå tilbake i tid for å redde partneren sin. Og han blir umiddelbart arrestert av unge Kay. Under avhør forteller Jay ham alt, og den fremtidige partneren tror. Sammen finner de Arcanian Griffin, som har ArkNet. Nå fortsetter de tre av dem og satte kurs for å etablere beskyttelse på månen. Men på en rakett blir de arrestert av oberst. Nå blir han keeper for mysteriet til Jay.
Fra dette tidspunktet, den raske utviklingen av hendelser. Helter møtes med to Boris og det oppstår en kamp. En kriminell fra fremtiden blir kastet i en rakettgruve, og unge Boris går også etter ham. Jordbeskyttelse installert. Og nå ser det ut til at Jays oppdrag var fullført, men en mirakuløs overlevende ung kriminell dukker opp. Oberst dør, men Boris greier å bli ødelagt. Og i filmen dukker det opp en ny karakter. En gutt kommer ut av oberstens bil og begynner å lete etter faren. Agenten kjenner seg igjen. Jay kommer tilbake i rett tid og møter Kay på kafé. Alt har kommet tilbake.
